清代漕运，沿袭明代旧制，因而明清两代的漕运，有许多共同之处。
第一，在运法上，明清两代都以军运为主。明代曾有支运、兑运和长运等三种办法，最后以长运作为定制。所谓“长运”法，实行于成化七年(1471)，又名“改兑”，就是由官军担任漕粮的全部运输，但需在兑运时，于原有加耗之外，要民人每石再加一斗米，做为“渡江费”。清代承袭的，正是这种运法。
第二，明清两代漕运都以河运为主。明初曾实行过短时期的海运，但在永乐十三年会通河开成之后，河运漕粮，相沿有明一代。清代漕运的发展过程，据史载：“清初，漕政仍明制，用屯丁长运。”“逮至中叶，会通河塞，而胶莱故道又难猝复，借黄转般诸法行之又不能无弊，于是宣宗采英和、陶澍，贺长龄诸臣议复海运，遴员集粟，由上海雇商转船漕京师，民咸称便。河运自此遂废”。
第三，明清两代的漕粮总额，基本上都稳定在每年四百万石。清代漕粮征收的名目繁多，大体上与明代一样，都分为正兑、改兑、白粮、改征、折征等五大类。“正兑”，指各省漕粮直接运输到京仓者。据《清史稿》记载，正兑米原额为三百三十万石，乾隆十八年实征二百七十五万石。“改兑”，指各省漕粮输至通州仓者，原额七十万石，乾隆十五年(1750)实征五十万石有奇。以上两项，以征米为主，但在河南、山东两省，因当地所产，也征小麦和黑豆。“白粮”，指征收苏州、松江、常州、太仓、嘉兴、湖州等六府的糯米。原额二十一万石，实征不过十万石有奇。“改征”，指改变对某地征收的种类和数额，但这种改变，全凭皇帝的特旨，没有一定的成规。“折征”，指原征实物，但折成银钱交纳。“减征”，系指某地受灾，不能征本色实物，而改征折色，即银两。或者将离水次最远县份的漕粮，酌量减去，分拨其他县份征收。另有所谓“民折官办”，指对民户征收银钱，而由官府用其他办法以实物交公。漕粮作为“天庾正供”，“不蠲不赦”，这是明清两代漕粮的共同特点，也是漕粮与一般田赋的不同之处。
第四，粮户除了完纳漕粮正额之外，还必须承担漕粮运输过程中的全部费用，包括形形色色的加耗。
清代对漕粮的质量要求是干圆洁净。除了漕粮正项之外，还要交纳随漕正耗，作为京通各仓和沿途损耗的补偿。按规定，正兑米一石，加耗二斗五升至四斗不等，改兑米一石，加耗一斗七升至三斗不等。凡是加耗的部分，通称为“耗米”，由于随着正米入仓，又叫“随正耗米”。一般讲，官定的加耗率，已经在百分之三十至四十，但是，实际上加耗日增，江浙、两湖有每石加耗至七斗六升的，比官定加耗率高出一倍。
第五，明清两代漕运所暴露的弊端也是大体相同的。官吏的贪污舞弊和政府的横征暴敛结合在一起，横征暴敛为贪污舞弊提供了机会，贪污舞弊又以不同形式加重了横征暴敛，因而从清初到清末，“民日蹙而国计日贫”。连担任漕运总督多年的杨锡绂也不得不感叹“锢弊难除”。
第六，在清代漕运中，运军的问题显得更加突出。运军即运输漕粮的军丁，是漕运的主要依靠力量。这种运军的情况比较复杂。
明代漕运，主要由各地卫所军士承担。清代取消卫所制，将军士编为承担漕运的运军。康熙初年规定各省卫所额设运丁十名。康熙三十五年(1696)规定漕船出运，每船佥丁一名，余九名以谙练驾驭之水手充之。后来又增佥本军子弟一人为副军。清政府对运军的人身控制很严。运军隶属卫籍，遇五年一编审。雍正初年停编审之后，“惟有运漕军丁四年一编审”。运军属各省粮道掌握，凡佥为运军，必须亲自押运，若以子弟代替，运军及代运人都要发边卫充军。而且，运军须有保结，所谓“一军无保，不准佥军，一军有欠，众军同赔”。
运军奔波于河上，风雨兼程，倍尝劳苦，境况可想而知。王命岳的《漕弊疏》中说：“以臣所闻，弁丁有水次之苦，有过淮之苦，有抵通之苦。”
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